哲学・思想サブプログラム（博士前期課程／博士後期課程）における研究教育は、哲学・倫理学・宗教学という3つの分野にわたります。
哲学分野には、大別して西洋哲学、東洋哲学、科学哲学（現代哲学を含む）の3つのアプローチがありますが、これらは何れも問題を明確に設定する力や強靱な思考力、独創的な構想力の涵養を目指している点で共通しています。
倫理学分野は「歴史」としての倫理思想史と「学」としての倫理学を二つの軸としています。前者は近代と現代の西洋倫理思想をカヴァーし、後者は解釈学、歴史哲学、人間論、道徳論、権利論、規範論、政治哲学、コミュニケーション論を含みますが、何れにおいても、思想史の正しい解釈と人間存在の深い理解が求められます。
宗教学分野は宗教学とインド学・仏教学から成っていますが、どちらにおいても幅広く宗教研究の方法や理論、多様な宗教現象について学ぶことができます。宗教学の領域では、仏教、キリスト教などの伝統宗教をはじめとし、新宗教、宗教と社会の関係、宗教思想などを、宗教学、宗教史学、宗教社会学、宗教哲学等の方法によって研究するほか、フィールドワークも行います。インド学・仏教学の領域では、精緻な文献研究を基礎として、インド思想や仏教を軸に様々な思想を研究します。
前期課程の学生は、必修の専門基礎科目「哲学プラクティス」において生産的な対話と議論のためのマインドセットとファシリテーションの技法を学ぶほか、上記の3分野に分けて開設される専門科目を2つ以上の分野にわたって所定の単位、選択履修します。必要に応じて一定の条筆します。さらに主指導教員と相談員の指導の下、副指導教員の指導も件の下、他の学位プログラム、サブの上、副指導教員を研究分野に関係受けつつ、博士学位請求論文の執プログラムの専門科目を履修するこなく選び、その指導を受けることが筆に努めます。また、その過程で各とも可能です。また自分の関心に応できます。
後期課程の学生は、共通自の専門領域の学会等における研じて上記の何れかの研究分野から主の「プレゼンテーション演習」を中究発表と学術雑誌への論文掲載の指導教員を選び、その指導の下で研心にプレゼンの訓練をするほか、「論経験を積むことが博士学位請求論文究を進め、修士学位請求論文を執文執筆演習」などを通して主指導教提出の条件となっています。